Parcours professionnel
Parti d’un bac technologique en biologie (STL BGB), d’études courtes en études courtes en passant par une thèse en Bioinformatique, je me suis peu à peu réorienté vers l’informatique pour laquelle j’ai une affinité particulière après avoir été élevé par un C64 à grand renforts de POKE et PEEK.
Mes passages au sein de plusieurs équipes hétéroclites et pluridisciplinaires et ma curiosité m’ont permis de régulièrement challenger et étendre mes compétences de développement en divers langages/frameworks, ainsi qu’en administration systèmes et réseaux Linux.
En combinaison avec une veille technologique constante, j’ai ainsi acquis une bonne vision globale de l’informatique en général, ce qui me permet de m’orienter relativement rapidement vers une solution.
Expériences
Bien conscient des enjeux liés à la sécurité des données, des applications et des infrastructures, je mets à profit tout le savoir accumulé lors de mes expériences passées.
Durant près de 6 ans, j’ai développé de très solides compétences dans les technologies des conteneurs et de leur orchestration. Ainsi, j’ai participé à l’évangélisation de ces dernières parmi l’équipe d’Astek Strasbourg et quelques-uns de ses clients en offrant mon support sur de nombreux projets. Ce travail transverse m’a permis de définir et de mettre en place les bonnes pratiques DevOps et de supervision avec l’aide de mes différents collègues impliqués.
Ces connaissances m’ont aussi servi à construire la plate-forme d’intégration continue du groupe Astek (basée sur les outils GitLab, GitLab CI/CD, SonarQube et Sonatype Nexus Repository déployés dans un environnement Kubernetes), qui est utilisée lors de mon départ par une petite centaine de collaborateurs du groupe à l’international.
En parallèle, j’ai approfondi mes connaissances Java en acquérant des compétences très pointues sur le framework Spring/Spring Boot, en ayant travaillé à la conception de nouvelles applications, en réalisant des audits de performance et de sécurité applicatives et en contribuant à de la tierce maintenance applicative. J’ai aussi développé de nouvelles compétences en applications Web monopages (Single-Page Application) avec les frameworks Angular et Vue.js.
Principaux clients : Air France, ArianeGroup, ClinFlows, CNIEL, EPELFI, Savencia, TNT/FedEx
J’ai dirigé l’équipe technique de 4 personnes (3 permanents et 1 temps partiel), en charge du développement et du déploiement de BioSight, une application permettant la comparaison de surfaces moléculaires dans le cadre de la recherche et du développement de cibles thérapeutiques à l’aide d’un algorithme développé en interne par l’équipe R&D.
Je me suis occupé personnellement d’intégrer cet algorithme au sein d’une nouvelle architecture de calculs distribués. Cela comprend :
- la gestion de l’Extract-Transform-Load des données au sein de HBase et des index Elasticsearch,
- le développement de jobs Mapreduce et leur organisation en workflows Oozie
- la mise à disposition de l’architecture de calculs au portail BioSight par l’intermédiaire d’un WebService REST,
- le déploiement bare-metal des serveurs à l’aide de MAAS et d’Ansible.
Tâches annexes :
- développement du logiciel de visualisation moléculaire interne BioViz (Java),
- déploiement de toute l’infrastructure du site de Strasbourg (serveurs, stockages réseaux, postes clients, git, team chat, wiki, DNS dynamique, sauvegardes…) accessible de manière sécurisée par certificats SSH et TLS.
J’ai développé une suite logicielle permettant de traiter et d’annoter les données de séquençage issues de plusieurs banques d’ADNc de tissus de l’annélide polychète Alvinella pompejana (ver de Pompéi) afin de l’étudier sous différents aspects (phylogénétique moléculaire, résistances aux conditions extrêmes…).
Cette suite a été développée en Tcl/Tk afin d’être intégrée à la plate-forme logicielle du laboratoire développée dans ce même langage. Un site Web permettant aux membres du consortium Alvinella de parcourir le résultat de ces annotations a été développé en PHP4.
Résumé: http://www.theses.fr/2009STRA6160
Manuscript: Thèse N.Gagnière 2009
Réalisations
Construction, support, maintenance et évolution de la PIC nationale du groupe Astek, utilisée pour héberger les projets internes et les projets de clients souhaitant externaliser le processus de développement.
Technologies : Kubernetes, K3s, GitLab, GitLab CI/CD, SonarQube, Nexus Repository
Portail d’accès Software as a Service de BioSight, application principale de Bionext permettant la comparaison de surfaces moléculaires dans le cadre de la conception de médicaments.
Technologies : Hadoop, YARN/MapReduce2, HBase, Oozie, Elasticsearch, Hibernate, Jersey
Portail de partage et de recherches au sein des résultats de traitements et d’annotations des données de séquençage d’Alvinella pompejana.
Technologies : PHP4, ADOdb, PostgreSQL, Smarty, MVC. (Portage Symfony 1.0/Doctrine non finalisé)